Tot în această perioadă (în anul 1862) a fost construit și turnul-clopotniță pe sub care se intră în incinta mănăstirii.

Cu  prilejul lucrărilor de restaurare a bisericii, realizate între anii 1975-1977, au fost îndepărtate cele două turle și pridvorul, ctitoria ștefaniană fiind readusă la înfățișarea inițială.

În interiorul bisericii Mănăstirii Războieni, sub plăcile de piatră ale pardoselii, din naos până în altar, s-a identificat atunci cu ajutorul săpăturilor arheologice, un strat consistent de oseminte care au fost reînhumate înaintea ridicării lăcaşului. Aceste oseminte, însă, nu au cranii. Istoria locului spune că cei îngropaţi în corpul bisericii sunt oştenii lui Ştefan, prinşi de vii şi decapitaţi, după ce, mai înainte, ori fuseseră schingiuiţi, ori li s-a cerut să se lepede de credinţa străbună, ceea ce ei nu au acceptat. Se zice că acele capete s-ar afla undeva sub sfânta masă, pentru o cinstire mai mare. Aceste relicve fac din biserica de la Războieni un adevărat mausoleu feudal, singurul de acest gen din țară.