Denumirea schitului (Чорний Вир, Μαυροβήρο sau Vârtejul Negru) provine de la un vârtej de apă dintr-un pârâu din apropiere.

Schitul a fost întemeiat în anul 1755 de ieromonahul Silvestru și de monahii Efrem și Agapie, cu sprijinul cazacilor zaporojeni. Biserica principală are hramul „Nașterea Maicii Domnului”. Așezământul a avut inițial statut de chilie, devenind ulterior schit.

În secolul al XVIII-lea, schitul a beneficiat de donații substanțiale din partea nobilimii ucrainene, ceea ce a contribuit la dezvoltarea sa, fiind înzestrat cu vii. Cu toate acestea, în timp, schitul a fost abandonat, iar clădirile au intrat în ruină.

În 1998, un ieromonah athonit și bizantinologul Kirill Pavlikianov au reușit să localizeze schitul, deși acesta era acoperit de vegetație densă. Au realizat primele fotografii ale bisericii principale și au descoperit imagini ale schitului în arhivele Mănăstirii Zografu, datând de la începutul secolului al XX-lea.

În 2015, cercetătorii ucraineni de la Institutul Internațional al Moștenirii Athonite din Ucraina, conduși de Serghei Șumilo, au redescoperit acest schit uitat.

În prezent, schitul se află în conservare, fiind parțial ruinat și acoperit de vegetație.

Schitul Chornyi Vyr reprezintă o parte importantă a patrimoniului monahal athonit, reflectând legăturile istorice dintre comunitățile ortodoxe din Europa de Est și Muntele Athos.