Născut ca urmare a rugăciunilor făcute de părinții lui, Sfântul Onufrie a fost dus la o mănăstire, pentru a crește conform voii Domnului. Hrănit de o căprioară până la vârsta de 3 ani, Sfântul Onufrie cerea apoi pâine de la trapeză și i-o dădea Pruncului Iisus, într-o icoană, ca să crească și El. Urmărit de un călugăr care a văzut minunea, sfântul a fost trimis să ceară pâine de la Cel căruia i-a dat-o. Flămând și trist, copilul I-a cerut Pruncului Iisus pâine și acesta i-a întins, din icoană, o pâine mare și caldă, starețul împărțind tuturor din ea, spre învătățură.

Mergând mai târziu în deșert, Sfântul Onufrie este călăuzit de un înger către bătrânul Ieremia care l-a învățat viața pustnicească și l-a condus spre o peșteră, pentru nevoință. Vizitat doar o dată pe an de bătrân, după trecerea acestuia la cele veșnice, Sfântul Onufrie nu a mai luat contact cu oamenii. Timp de 70 de ani a îndurat frigul și arșița și a luptat cu demonii, fiind împărtășit de un înger al Domnului și având spre hrană un curmal și spre sete un izvor, prin minune, lângă chilia sa.

Trimis de Domnul, Sfântul Pafnutie cel Mare l-a găsit pe Sfântul Onufrie pe când era timpul ca acesta din urmă să moară și să fie îngropat, ceea ce s-a și întâmplat, groapa fiind săpată de doi lei. Neștiind ce să facă, Sfântul Pafnutie și-ar fi dorit să rămână să se nevoiască în peștera unde trăise Sfântul Onufrie, dar aceasta s-a dărâmat îndată, finicul uscându-se, iar izvorul secând. Sfântul Pafnutie a înțeles că nu este voia Domnului ca el să rămână acolo, ci să se întoarcă și să povestească despre minunile Sfântului Onufrie.