Arsă şi prădată de mai multe ori, în secolele XIII-XIV, a fost înnoită de împăraţii bizantini Mihail al VIII-lea Paleologul (1259-1282), Andronic al II-lea (1282-1328) şi Ioan al V-lea Paleologul (1341-1391).

Ajungând în ruină, în secolul XV a fost refăcută şi rezidită aproape integral de Sfântul Ştefan cel Mare, între anii 1466-1502. Mai înainte de el, bunicul său, Alexandru cel Bun, dădea ajutor anual mănăstirii câte 3.000 aspri de argint (1429). Dădea şi venitul câtorva metoace spre întreţinere, printre care şi al Mănăstirii Căpriana. Între anii 1466-1471, Sfântul Ştefan cel Mare dă mari fonduri de bani pentru înnoirea bisericii şi a bolniţei. În anul 1475, marele domn zideşte, la malul de sud-vest al mării, turnul şi arsanaua, care a avut port închis pentru corăbii.

În anul 1495 reface din piatră corpul chiliilor, trapeza şi zidul de incintă. În anul 1502, Voievodul Ştefan cel Mare şi Sfânt zideşte din nou biserica mare şi o pictează în frescă. Pe lângă aceasta, el dădea şi un ajutor anual în bani de aur şi argint, fie galbeni ungureşti, fie aspri de argint. În anul 1502, Sfântul Ştefan cel Mare donează ctitoriei sale de la Athos o icoană cu Sfântul Gheorghe şi steagul de luptă al Moldovei cusut cu fir de aur şi argint, care are pe o parte icoana Sfântu­lui Gheorghe şi pe cealaltă stema Ţării Moldovei.

În anul 1500, Radu cel Mare dădea Mănăstirii Zografu 3.000 aspri ajutor anual. La fel făceau Neagoe Basarab (1515-1517), Vlad Vintilă (1534) şi alţi domni pământeni. Bogdan al III-lea (1517) repară pirgul mănăstirii; Petru Rareş face reparaţii şi înnoieşte pictura în anul 1546; fiica lui, Ruxandra, soţia lui Alexandru Lăpuşneanu, plăteşte impozitul anual al mănăstirii către turci, câte 100 galbeni şi încă 52.000 aspri de argint. Ultimele ajutoare le dau domnii fanarioţi, care fac lucrări de întreţinere în secolul XVIII.

(Protosinghel Ioanichie Bălan, Pelerinaj la Locurile Sfinte, Editura Episcopiei Romanului şi Huşilor, 1992, pp. 446-447)