În calendarul Bisericii Ortodoxe, la data de 30 ianuarie, sunt pomeniți cei trei mari sfinți ierarhi și dascăli ai lumii: Sfântul Vasile cel Mare, Sfântul Grigore de Dumnezeu Cuvântătorul și Sfântul Ioan Gură de Aur. Cinstirea lor comună, cunoscută sub denumirea de „Treimea de arhierei”, a fost rânduită ca hram al așezământului monahal din centrul Iașului, la jumătatea secolului al XVII-lea, de către domnitorul Moldovei, Vasile Lupu.

Răspunsurile liturgice au fost oferite de Corul academic „Byzantion”, dirijat de lect. dr. Adrian Sîrbu, precum și de Corul „Anghelos” al mănăstirii, condus de psaltul Cezar Cocuz.

În cuvântul de învățătură, ierarhul a evidențiat actualitatea mesajului transmis de cei trei mari ierarhi ai Bisericii și importanța acestuia pentru viața creștinilor de astăzi, arătând că bucuria este semnul autentic al trăirii în Hristos:

Mărturisește istoria Bisericii că, în vechime, creștinii trăiau bucuria prezenței lor, încă din această lume, în Împărăția lui Dumnezeu, cinstindu-i, admirându-i și urmându-i pe sfinți. Căci viața creștinului celui adevărat este o viață de bucurie. Găsim acest cuvânt adânc în cartea prorocului Isaia: slava lui Dumnezeu se arată prin bucuria care se regăsește pe fețele oamenilor și, cu siguranță, și în inima lor. Slava lui Dumnezeu se descoperă prin starea de bucurie pe care o au creștinii. Iar această stare de bucurie este dobândită prin adâncirea lor în viețuirea și cuvintele sfinților.

Sfinții Trei Ierarhi – Vasile, Grigorie și Ioan –, trăind taina jertfei, taina laudei și taina fratelui, au dobândit prin aceasta bucurie, căci spune Sfântul Apostol Pavel, în Epistola către Filipeni, că cei care pătimesc cu Hristos în moartea Lui primesc de la El și puterea Învierii Sale. Puterea Învierii, taina bucuriei, sunt dobândite de creștini prin faptul că îndrăznesc să ia asupra lor, prin ispite și încercări, ocara lui Hristos, se luptă să-I aducă lui Dumnezeu jertfa buzelor lor prin rod de preamărire și se îngrijesc, prin cele materiale și, mai ales, prin inimă lărgită în rugăciune, de suferința aproapelui.

După cântarea Axionului, monahul Damian Vicovan, viețuitor al mănăstirii a fost hirotonit întru diacon de către Înaltpreasfințitul Părinte Teofan.

La finalul Sfintei Liturghii, după ce numeroși credincioși s-au împărtășit cu Sfintele Taine, părintele stareț Elisei Nedescu a adresat un cuvânt de mulțumire, iar cei prezenți au primit binecuvântarea arhierească.

Ctitorirea Mănăstirii „Sfinții Trei Ierarhi” trebuie înțeleasă în contextul epocii, ca o emblemă a unui domnitor puternic, bogat și ambițios, dorită ca model pentru toate bisericile ortodoxe. Construcția lăcașului a început, cel mai probabil, în anul 1637, la doar trei ani după suirea pe tron a lui Vasile Lupu, dată până la care acesta zidise deja alte două biserici în Iași: „Sfântul Ioan Botezătorul” (ctitorită de Miron Barnovschi, biserică pe care Vodă Lupu doar a finalizat-o) și „Sfântul Atanasie” din Copou. La construcția edificiului au lucrat meșteri din Răsărit și Apus, sculptori în piatră, care au înfrumusețat exteriorul printr-o multitudine de broderii. Biserica a fost sfințită de vrednicul de pomenire Mitropolit Varlaam al Moldovei, la data de 6 mai 1639.

La data de 13 iunie 1641, mănăstirea devine prima casă din Moldova a moaștelor Sfintei Cuvioase Parascheva. În anul următor, 1642, mitropolitul Petru Movilă scrie și prezintă Sinodului de la Iași celebra Mărturisire ortodoxă de credință.

Între anii 1995–2012, exteriorul bisericii așezământului monahal a trecut printr-un proces de restaurare laborios, complex și important. Cea mai mare pondere a lucrărilor a constat în asigurarea stabilității pereților și a structurii zidăriei.

Între anii 2008–2021, stareț al mănăstirii a fost arhimandritul Nichifor Horia, care a fost ales și hirotonit Episcop-vicar al Arhiepiscopiei Iașilor la începutul anului 2021. În ziua de 21 aprilie 2021, arhimandritul Elisei Nedescu a fost hirotesit și instalat stareț al mănăstirii.