În vara anului 1960 s-a îmbonăvit de dezinterie, de rinichi și a făcut și pneumonie însoţită de febră foarte mare. Toate aceste afecţiuni agravate au avut nevoie de îngrijiri atente din partea ucenicului său, care îi punea comprese cu oţet și ventuze, pentru a-i scădea temperatura. Din cauza suferinţei foarte mari și a slăbiciunii trupești, Sfântul îi mulţumea deseori ucenicului doar cu privirea. În ziua în care a adormit întru Domnul, dimineaţa, pe la orele 7.00, după ce și-a terminat de făcut pravilele, s-a împărtășit cu Sfintele Taine ale Domnului nostru Iisus Hristos, după care a venit la dânsul la peșteră ucenicul său, căruia i-a spus: „Părinte Ioanichie, tare te mai așteptam să vii, că pentru mine aceste trei zile au fost mucenicie. Mi-a fost foarte rău, am răcit tare, tușesc și nu pot respira și am mare temperatură”. Atunci, părintele Ioanichie a vrut să-i pună din nou comprese și ventuze, dar sfântul i-a răspuns cu blândeţe că de acuma nu mai trebuie nimic, căci totul s-a terminat și că peste scurt timp trebuie să plece la Domnul.

S-a spălat singur pe faţă și pe mâini, s-a pieptănat și apoi a început să privească cu mare uimire spre cer, spunând: „Părinte Ioanichie, dacă ai vedea și sfinţia ta ceea ce văd eu!”, la care ucenicul l-a întrebat: „Ce vezi, părinte Ioan?”. Și sfântul i-a zis: „Văd foarte mulţi îngeri și sfinţi care aduc două frumoase cununi din flori și frunze de finic pe care scrie fericiţi sunt cei… ce” și s-a oprit. Apoi, părintele Ioanichie l-a întrebat: „Și ce mai scrie în continuare?”. Dar sfântul a zis: „Dacă o să mă simt mai bine, o să-ţi spun mai târziu”. Iar pe cealaltă cunună de la stânga lui scria: „Blestemaţi sunt cei ce…” și nu a mai voit să spună toate cuvintele. Dar spunea că deasupra cununii de la stânga a văzut pornindu-se fulgere și săgeţi ca de trăsnet, care închipuiau mânia lui Dumnezeu asupra celor care mor nepocăiţi. Apoi i-a spus ucenicului că, după ce va muri, trupul său să-l îngroape aici, în această peșteră, într-un canal zidit în piatră și ciment, pe care singur și l-a pregătit dinainte. Apoi, părintele Ioanichie l-a întrebat pe Sfântul Ioan: „Părinte Ioane, dar eu când voi muri, pe mine unde m-or pune?”. La care sfântul a răspuns: „Eu o să mă dau puţin mai încolo și sfinţia ta o să vii lângă mine”. (Aici fac o mică paranteză, vrând să arăt smerenia părintelui Ioanichie faţă de Sfântul Ioan, când s-a întristat puţin și apoi cu un ton cam sever mi-a zis: „Până când crezi că o să te mai pot răbda, părinte Visarion? Căci de când sunt aici, în Ţara Sfântă, în 56 de ani nimeni nu m-a cicălit și m-a iscodit atât de mult ca sfinţia ta. Pentru aceasta îţi dau canon să scrii tot ce ai aflat de la mine și de la alţi români pe care i-ai prins în viaţă, tot ce știi despre viaţa și nevoinţele Sfântului Ioan”.)

Deși era la începutul lunii august și temperatura de afară depășise 40 de grade, Sfântul Ioan era foarte răcit, tușea și avea febră mare. Dar, cu toate acestea, era foarte lucid, blând și pașnic. Era ziua de joi, 5 august 1960, când, după ce i-a dat ultimele sfaturi ucenicului său, s-a ridicat în picioare și cu mâna dreaptă a început să binecuvânteze, ca preot, în semnul Sfintei Cruci, timp de aproape o oră, în toate părţile peșterii. Probabil că îi binecuvânta pe sfinţii pe care spunea mai înainte că îi văzuse venind la dânsul să-l întâmpine și pe care i-a slăvit și i-a lăudat în scrierile sale. Apoi, s-a întins pe patul de scândură, pe care avea o singură pătură, a închis ochii, a răsuflat adânc și și-a dat sufletul său în mâinile lui Dumnezeu. Ucenicul său, părintele Ioanichie, a rămas mult timp îngenuncheat lângă căpătâiul părintelui său, plângând cu lacrimi amare pe cel care l-a părăsit aici pe pământ și care i-a fost duhovnic și bun învăţător și povăţuitor, Sfântul Ioan Iacob Românul. Cât a fost bolnav, niciodată nu a oftat sau suspinat. A răbdat cu pace, cu seninătate și le-a primit pe toate cu bucurie, ca pe niște daruri de la Dumnezeu. Cuviosul Ioan și-a cunoscut dinainte data sfârșitului, însemnând-o pe peretele peșterii.

(„Pentru cei cu sufletul nevoiaș ca mine...”. Opere complete. Sfântul Ioan Iacob de la Neamț - Hozevitul, Editura Doxologia, Iași, 2011, pp. 42-45)