Athoniada a fost înfiinţată în anul 1749 de către Patriarhul Grigorie al V-lea al Constantinopolului şi a funcţionat până în anul 1921 într-o clădire din apropierea Mănăstirii Vatoped. Academia a fost redeschisă în anul 1842 într-o clădire nouă din Kareia, unde a funcţionat timp de 95 de ani, cu o întrerupere din 1915 până în 1930, din cauza celor Primului Război Mondial.

A existat într-adevăr o academie teologică în Athos – ruinele ei se mai pot vedea în apropierea Vatopedului –, care şi-a încetat cursurile în preajma Eteriei de la 1821. Ea a fost redeschisă în 1842, în Careia şi, doi ani mai târziu, beneficia de o clădire nouă în capitala athonită. Prin hotărârea Chinotitei, a fost strămutată, la 1930, în Schitul Serai. În Kareia a funcţionat cu două întreruperi – între 1916–1930 şi 1940–1953 –, cauzate de cele două Războaie Mondiale.

În 1930, cu hotărârea Sfintei Chinotite, şcoala a fost mutată în cadrul Schitului „Sfântul Andrei” (Serai), avându-l ca prim director pe Ioachim Iviritul. Athoniada a fost închisă din nou în anul 1940, iar pe 3 octombrie 1953 a fost redeschisă sub conducerea părintelui Natanael Lavriotul. De atunci funcţionează după programa unui seminar teologic.

Paraclisul Athoniadei închinat Sfinților Trei Ierarhi a fost construit în 1901. Este bogat împodobit cu icoane rusești. În acest paraclis elevii Athoniadei participă la slujbele zilnice, deprind tipicului bisericesc și învaţă muzica bizantină.

Athoniada funcţionează şi astăzi în aceeaşi clădire. Academia Bisericească Athonită este o școală cu durata de șase ani, care urmează programul de învățământ al Ministerului Educației, având în plus cursuri de muzică bizantină și de iconografie. Aici predau 14 profesori, dintre care trei sunt ieromonahi. Numărul elevilor oscilează între 40 și 50, iar fiecare dintre aceștia se află sub tutela uneia dintre cele 20 de mănăstiri ale Sfântului Munte. Resursele financiare pentru funcționarea Athoniadei provin din sponsorizări ale Ministerului Educației și ale Sfintei Chinotite.