Biserica a fost zidită între secolele III și IV, chiar pe locul casei părinţilor Sfântului Alexie, acolo unde cuviosul s-a nevoit timp de 17 ani fără a fi recunoscut. Biserica a fost refăcută ca „diaconie” (aşezământ pentru săraci), în anul în 972, de către Mitropolitul Serghie al Damascului, refugiat la Roma din cauza persecuţiilor arabe. În acest context a avut loc şi dezvoltarea cultului Sfântului Alexie, omul lui Dumnezeu.

Mai târziu, biserica fost rezidită în 1582 de către cardinalul Guidi Di Bagno, iar în anul 1750, de către cardinal Querini. Ultima intervenție asupra clădirii a avut loc la mijlocul secolului al XIX-lea, când au fost decorate cupola și absida.

În partea dreaptă a bisericii se află un turn clopotniţă în stil romanic. Printr-un portal larg se intră în biserica alcătuită din trei nave largi.

Sub altarul central al bisericii se găsesc moaştele Sfântului Alexie. Tot sub altarul actualei biserici se păstrează o criptă împodobită cu fresce și coloane de marmură, datând din primul mileniu creștin.

La intrarea navei din partea stângă se găsesc resturile unei scări din lemn sub care, după tradiţie, Sfântul Alexie a trăit timp de 17 ani, nerecunoscut de nimeni. Scara este aşezată în diagonală într-un relicvariu de sticlă şi lemn aurit, între patru coloane de granit, cu capiteluri corintice cu aspect antic.

În biserică se mai găseşte fântâna Sfântului Alexie – o fântână străveche, adâncă de 15 metri, care se afla în curtea familiei Sfântului Alexie.

Vezi şi (Foto) Locul în care s-a nevoit Sfântul Alexie, omul lui Dumnezeu – Biserica Sfinţilor Bonifaciu și Alexie din Roma