Chilia a fost fondată de către însuși Sfântul Sava, Arhiepiscopul Serbiei. Ca și alte chilii hilandarine din zona Kareiei, aceasta deținea terenuri în zona Iovania și avea dreptul la cazare gratuită în portul Dafni pentru toți oaspeții săi.

Din 1882, chilia a avut viețuitori ruși, primul stareț fiind Nicanor (Kașin). Acesta a fost succedat în 1890 de ucenicul său, Gherasim (Popov), care a adunat o numeroasă obște monahală. În 1896, Mănăstirea Hilandar a binecuvântat anexarea chiliei vecine, „Sfântul Ioan Teologul”, la această comunitate.

Eforturile starețului Gherasim de a construi o nouă biserică și corpuri de chilii la „Sfântul Ioan Teologul” au avut un beneficiu neașteptat: au salvat vechea biserică a chiliei „Sfântului Ioan Botezătorul” de la modificări majore, conservând arhitectura ei originală. În anul 1913, obștea a ajuns la un apogeu, numărând 10 ieromonahi și 80 de monahi.

În acele vremuri, în această chilie se păstrau icoane făcătoare de minuni ale Sfântului Ioan și ale Maicii Domnului, alături de o părticică din Sfânta Cruce și moaște ale mai multor sfinți. Tot aici se afla o icoană a Sfântului Ioan Teologul din secolul al XIII-lea, mutată ulterior în chilia vecină.

În perioada modernă, chilia „Nașterea Sfântului Ioan Botezătorul” a fost cunoscută pentru viețuirea aici a părintelui Rafail (de origine sârbă).

Din păcate, după trecerea la cele veșnice a părintelui Rafail, chilia a rămas pentru o perioadă pustie. Ulterior, a fost preluată de un monah venit de la Mănăstirea Filoteu, de origine elvețiană.

În anul 2017, așezământul a fost puternic afectat de un incendiu. Chilia a fost refăcută prin implicarea Mănăstirii Hilandar.