Aşezământul monahal a fost ctitorit la iniţiativa şi prin strădaniile medicului Pavel Chirilă, originar din Slatina-Nera şi fost director al Asociaţiei Christiana din Bucureşti.

În 19 iulie 1994, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a hotărât înfiinţarea Mănăstirii Nera, cu hramul Sfintei Cuvioase Parascheva. Iar pe 14 octombrie 1994, vrednicul de pomenire Emilian Birdaş, episcop al Caransebeşului în perioada 1994-1996, a pus piatra de temelie a aşezământului monahal, iar în toamna aceluiaşi an rasofora Nicodima Moisă a fost numită stareţă.

Prin efortul maicilor şi cu bunăvoinţa oamenilor, în cursul aceluiaşi an au început lucrările de construcţie la biserica din lemn a mănăstirii. În anul 1995, a fost ridicată o clădire ce cuprinde chiliile maicilor şi atelierul de plante medicinale.

În 14 octombrie 1997, la hramul mănăstirii, a avut loc sfinţirea bisericii de către Preasfințitul Laurenţiu Streza al Caransebeşului, în prezent Mitropolit al Ardealului. Cu acest prilej a fost înmânată o diplomă de cinstire Domnului Dr. Pavel Chirilă, principalul ctitor al acestui lăcaş monahal.

La 5 octombrie 2001, Mănăstirea Nera a primit în dar un rând din veşmintele folosite la acoperirea sfintelor moaşte ale Preacuvioasei Parascheva din partea Preafericitului Părinte Patriarh Daniel, pe atunci Mitropolit al Moldovei şi Bucovinei,.

În anul 2007, PS Lucian al Caransebeşului, a pus piatra de temelie la paraclisul de iarnă al mănăstirii cu hramul Bunavestire (25 martie). S-au mai construit un corp de chilii, arhondaric, trapeză şi ateliere pentru îndeletnicirile călugăriţelor (pictură, sculptură etc.).

În prezent, obştea mănăstirii numără peste 80 de vieţuitoare, iar stareţă este Monahia Dositea Constantin. Principala îndeletnicire a maicilor de la Nera este prepararea de produse naturiste pentru tratarea unor afecţiuni trupeşti, dar şi pentru consum alimentar.

În anul 2009 a apărut Laboratorul Sfinții Doctori fără de arginţi al Mănăstirii Nera din dorinţa măicuţelor de a aduce mai aproape de oameni darurile tămăduitoare sădite de Dumnezeu în plante. Produsele sunt preparate manual, după reţete proprii, cu rădăcini în vechile leacuri tradiţionale şi mănăstireşti. Procesele de preparare urmăresc păstrarea proprietăţilor naturale ale plantelor folosite ca ingrediente. Produsele naturiste (ceaiuri, tincturi, alimente) sunt comercializate în magazinul mănăstirii şi în toate magazinele bisericeşti ale Episcopiei Caransebeşului.

Pe lângă aceasta, mănăstirea are o frumoasă bibliotecă, ateliere de pictură, de litografie şi de sculptură în lemn. De asemenea, cu binecuvântarea chriarhului, maicile au iniţiat un proiect social ce prevede construirea unui azil pentru bătrâni.

Accesul rutier la mănăstire se face pe DN 57 pe Ruta Oraviţa – Intersecţia de la Ciuchici – Macovişte – Sasca Montană, apoi pe drum forestier 2 km. Mănăstirea are un arhondaric cu 8 locuri pentru pelerini.