Așezarea monahală de pe valea Bistriței a avut, de la întemeierea sa, patru denumiri. În secolul al XV-lea, pe vremea primului sihastru ce și-a adunat obște aici, timp de aproape trei decenii, ea s-a numit Sihăstria lui Simeon, după numele povățuitorului ei. După construirea primei bisericuțe de lemn și după sfințirea ei, prin efortul Sfântului Ștefan cel Mare, ea va purta, timp de aproape un secol, numele de Schitul lui Simeon.

Apoi, odată cu venirea celui de-al doilea întemeietor al său – Sfântul Cuvios Amfilohie – și după ridicarea bisericii de piatră de către Voievodul Alexandru Lăpușneanu, ea se va numi, timp de 27 de ani, Sihăstria lui Amfilohie, ca mai apoi să-și ia denumirea pe care o are și astăzi. Denumirea de Pângăraţi provine, după istoricul Nicolae Iorga, de la un posibil călugăr Pangratie care, se pare, a fost „un pustnic de demult care a dat numele pârâului din apropiere”. Marele istoric spune că numele nu are „niciun amestec cu ideea de pângărire”.

Se presupune că acest Cuvios Pangratie ar fi fost unul din ucenicii Sfântului Cuvios Nicodim de la Tismana, care în secolul al XV-lea s-au răspândit în Muntenia şi în Moldova, întemeind aici marile mănăstiri Neamţ şi Bistriţa. Numele de Pângărați îl va lua mai târziu şi comuna în care este astăzi mănăstirea.