Lăcașul de rugăciune a fost ridicat pe locul unui paraclis mai vechi, din 1723. În acest loc se desfășoară sfintele slujbe ale mănăstirii din luna noiembrie până în luna mai. Spațiul din interior este unitar, în 1962 demolându-se peretele pridvorului ce exista dintru început.

Peste două decenii, între anii 1981 și 1983, arhimandritul Zenovie Ghidescu supraveghează pictarea paraclisului și înlocuiește catapeteasma cu una nouă. Vechea catapeteasmă reprezintă adevărata valoare a Paraclisului „Sfântul Nicolae” și s-a aflat pentru un timp în vechiul paraclis cu hramul „Pogorârea Duhului Sfânt” din primul nivel al clopotniței de la intrare. Între anii 2003-2007, în timpul stăreției Părintelui arhimandrit Petroniu Marin, paraclisul a fost renovat, pictura veche fiind înlocuită cu una nouă, în tehnica frescă, în stil neobizantin, de către pictorii Sabin și Gabriela Drinceanu din Iași. De asemenea, catapeteasma veche, din secolul al XVIII-lea, a fost restaurată și a revenit în locul său dintru început.

În paraclisul Sfântului Ierarh Nicolae se mai află și portretul Cuviosului Irinarh Roset, ținându-și în mâini ctitoria de lemn cu trei turle, cea care a precedat biserica de piatră de astăzi. Portretul a fost adus din interiorul bisericii mari, pictat pe piele, probabil prin 1834. Autorul portretului surprinde aerul înduhovnicit al personajului.

Paraclisul „Pogorârea Sfântului Duh” din clopotnița Mănăstirii Horaița

La puțin timp după construirea paraclisului închinat Sfântului Ierarh Nicolae, între 1853-1855 s-a primenit și vechea clopotniţă a schitului de lemn al Mănăstirii Horaiţa. Fundația și bolțile au fost construite din piatră de râu cimentată, iar cele două nivele de deasupra, cuprinzând paraclisul „Pogorârea Sfântului Duh” şi camera clopotelor, erau din lemn. În anul 1965, catapeteasma acestuia a fost tranferată la o biserică din Vânători-Neamţ, pentru a fi utilizată de paraclisul de lângă spital. Paraclisul se află în curs de reamenajare, aici slujindu-se o singură dată pe an numai Sfânta Liturghie, în ziua hramului.