În anul mântuirii 1803 lua ființă în Moldova, la inițiativa marelui mitropolit Veniamin Costachi (1803-1842), supranumit pe drept cuvânt „Luminătorul Moldovei”, și cu sprijinul Domnitorului Alexandru Moruzi (1802-1806), cel dintâi seminar pentru pregătirea viitorilor preoți, din Principatele Române.

Așezat inițial la Mănăstirea „Schimbarea la Față” – Socola, ctitoria familiei Domnitorului Alexandru Lăpușneanu (1552-1561, 1564-1568), mănăstire de călugărițe transformată în anul 1803 în mănăstire de călugări, făcându-se schimb cu Mănăstirea Agapia, seminarul a primit, în 1840, din partea Domnului Mihail Sturdza (1834-1849), în semn de recunoștință și prețuire pentru mitropolitul-ctitor, numele de Seminarul Veniamin.

Pentru valoarea sa deosebită, seminarul, pe de o parte, a devenit modelul seminarelor de mai târziu (București, Buzău, Argeș, Vâlcea etc, înființate abia în 1836-1837, Huși-1852 și Roman-1858), iar pe de alta, cel de-al doilea ciclu, superior, a făcut parte din celebra Academie Mihăileană (inaugurată în 1835), ca a treia facultate, de teologie, cu patru ani de studiu, alături de filosofie-doi ani și drept-trei ani. 

Datorită valoroasei sale contribuții la cultura și spiritualitatea Moldovei, și nu numai, marele istoric și academician Constantin Erbiceanu (1838-1913) l-a numit, cu temei, Sorbona românilor. Seminarul Veniamin a funcționat la Socola până în anul 1885 când, din cauza condițiilor improprii, aspect consemnat într-un proces-verbal de către Inspectorul General Școlar Spiru Haret (1851-1912), s-a mutat în Iași, stabilindu-se, cu chirie, mai întâi în casele Tausig, după care în casa Șuțu, pe strada Săulescu.

Mitropolitul Moldovei de atunci, Sfântul Iosif cel Milostiv (Naniescu: 1875-1902), căutând o locație potrivită pentru „copilul lui Veniamin”, cum numea seminarul, văzând că „umbla ca un pribeag pe străzile Iaşului”, „stare nefirească”, a intervenit la Ministerul Cultelor și Instrucțiunii „cu stăruitoare rugăminte de a fi ales localul unde trebuie să fie stabilit seminarul mitropoliei... casa palat a fostului Domn Mihai Vodă Sturdza care este alături cu mitropolia și chiar alipită de mitropolie”.

Acceptând propunerea, ministrul a desemnat o comisie specială care să analizeze problema locației seminarului. La propunerea Sfântului Mitropolit Iosif, comisia a analizat, aprobat și înaintat  ministerului propunerea de a cumpăra fostul palat al lui Mihail Sturdza, acum proprietatea lui Dimitrie M. Sturdza. Ca urmare, ministrul T. Rosetti a aprobat achiziționarea imobilului pentru seminar. Astfel, în anul 1890, luna aprilie, ziua 16 a fost cumpărat Palatul Sturdza.

Așezată „pe cornișa sudică a terasei centrale a Municipiului Iași, în vatra istorică a orașului”, clădirea este „caracteristică pentru reședința familiilor princiare moldovene, servind temporar și de cancelarie a domnitorului Moldovei Mihail Sturdza în perioada 1842-1849”. Palatul, în stil neoclasic, preferat în Europa la sfârșitul secolului al XVIII-lea, l-a avut ca arhitect pe profesorul M. Singurov, care a urmărit și realizarea construcției între anii 1841-1843.

La puțin timp după achiziționarea imobilului, în luna mai același an (1890), arhitectul Mandrea a primit sarcina restaurării clădirii. Drept urmare, în anul 1891 încep lucrările de reparaţii şi amenajare, lucrări ce au durat doi ani, timp în care s-a mai adăugat o aripă și s-a consolidat restul clădirii. Astfel, clădirea palatului a evoluat de la partea centrală (imobil aflat pe lista monumentelor istorice) prin dezvoltarea aripilor laterale și a anexelor gospodărești pe latura de sud-vest..., configurație păstrată până azi”.

După finalizarea lucrărilor de restaurare, în anul 1893 Seminarul Veniamin Costachi „cu toată zestrea lui şi cu tot personalul administrativ s-a stabilit definitiv în vecinătatea Mitropoliei… clădirea Seminarului rivalizând, sub toate raporturile, cu cele mai frumoase clădiri şi instituţii din Iaşi”.

Menționăm că în 21 octombrie 1897 clădirea, proaspăt consolidată și amenajată, a fost vizitată de Regele Carol I și Regina Elisabeta, ca „semn al recunoașterii importantei școli, dar și asumare a unei realizări care a fost posibilă mai ales cu sprijinul Regelui”.

Doi ani mai târziu (la 11 octombrie 1899), clădirea înnoită, având și o nouă destinație, și, în mod special, capela închinată Sfinților Arhangheli Mihail și Gavriil, au fost sfințite de către mitropolitul-ctitor, Sfântul Iosif cel Milostiv.      

În această clădire a funcţionat Seminarul Veniamin până la desfiinţarea lui, în 1948, trecând, ca și țara, prin vitregiile vremii. Astfel, în timpul Primului Război Mondial, într-o primă fază, a fost transformat în „spitalul nr. 272 de răniţi”, iar în a doua fază „Seminarul trece ca Spital al aşezămintelor Brâncoveneşti”.

După război, Seminarul s-a mai confruntat cu trei mari încercări: „cutremurul cel mare”(din 9/10 octombrie 1940), al Doilea Război Mondial și instaurarea regimului comunist. Dacă în urma cutremurului Seminarul şi-a reluat activitatea fără probleme majore, în timpul războiului clădirea a fost grav afectată de bombardamente, fiind distruse mare parte din imobil, dar și numeroase cărţi din biblioteca ce număra aproape 9.000 volume, adunate, în timp, cu greu. Practic, ea n-am mai putut fi reconstituită.

În cea de-a treia încercare, perioada comunistă, chiar la începutul ei, Seminarul a fost desființat în mod brutal, după aproape un secol și jumătate de existență, ca urmare a intrării în vigoare a Decretului nr. 177 din 4 august 1948 care prevedea că „actualele seminarii teologice, în care se predă și cultura generală, se desființează”, clădirea primind alte destinații (mai întâi a funcționat aici Universitatea Tehnică „Gheorghe Asachi” și, începând cu 1982, Conservatorul „George Enescu”).

După evenimentele din Decembrie 1989 și după instalarea în scaunul mitropolitan din Iași a Părintelui Patriarh Daniel, în calitate de Mitropolit al Moldovei și Sucevei, între obiectivele sale prioritare a fost reînființarea Facultății de Teologie (Ortodoxă) și mutarea ei în fosta proprietate a Mitropoliei, clădirea Seminarului Veniamin.

În acest sens au fost întreprinse nenumărate demersuri, însă în pofida lor și chiar a HG nr. 1034/ 21 septembrie 1990, semnată de prim-ministrul Petre Roman, care prevedea că „Ministerul Învățământului și Științei va preda imobilul până la data 1 iulie 1991, Mitropolia Moldovei și Bucovinei a preluat clădirea abia în anul 1994”.

După revenirea clădirii în proprietatea Arhiepiscopiei Iașilor și ca urmare a mutării Facultății de Teologie Ortodoxă în acest spațiu, Părintele Mitropolit Daniel a acordat o atenție deosebită capelei facultății, „spațiu absolut necesar pentru practica liturgică a studenților. Pentru a putea fi dată în funcțiune erau necesare ample lucrări de reamenajare”.

Astfel, între anii 1996-1998 s-au efectuat lucrări de reparații. În anii 1996 și 1997 a fost restaurat iconostasul vechi, iar capela a fost pictată. În perioada 1997-1999 a fost sculptat mobilierul și ușile paraclisului, fiind dotată cu obiectele de cult și cele necesare desfășurării activității liturgice. Capela servește pentru practica studenților, aici fiind oficiată Sfânta și Dumnezeiasca Liturghie, de luni până vineri, și de cele mai multe ori, cu excepția vacanțelor, și duminica.

Pentru profesorii, studenții și ostenitorii Facultății de Teologie, prezența unei capele în cadrul ei, în care se înalță aproape zilnic rugăciuni către Dumnezeu, „Stăpânul și Binefăcătorul nostru”, la multe dintre ele slujind și Arhipăstorul Moldovei, Părintele Mitropolit Teofan, este o mare și neprețuită binecuvântare.