Familia sa a avut o influență mare în istoria creștinismului. Tatăl său, Sfântul Vasile cel Bătrân, retor creștin, era un om cumpătat și cu o avere însemnată. Mama sa, Sfânta Emilia, era o orfană al cărei tată suferise chinurile și moartea pentru Hristos. Din căsătoria armonioasă dintre Vasile și Emilia s-au născut zece copii, cinci băieți și cinci fete. Se pare că unul dintre băieți a murit în copilărie, pentru că la moartea bătrânului Vasile, patru băieți și cinci fete au fost chemați să-și împartă averea considerabilă pe care o moșteniseră. Dintre cei nouă copii, cea mai în vârstă era o soră, care purta același nume ca și bunica sa, Macrina. Cel mai mare dintre fii era Vasile, cel de-al doilea, Navcratie, cel de-al treilea, Grigorie, care a ajuns Episcop de Nissa. Petru, cel mai tânăr dintre copii, s-a născut la scurtă vreme după moartea tatălui său. Mai târziu a devenit episcop de Sevastia. 

Din acest remarcabil grup de frați, cel care a scris biografia surorii mai mari a fost Sfântul Grigorie de Nyssa. Din această lucrare aflăm că Macrina i-a insuflat lui Navcratie iubirea față de Dumnezeu și dorința de a se lepăda de lume. Conform Sfântului Grigorie, Navcratie îi depășea pe ceilalți frați prin înzestrările sale. La aproape 22 de ani a impresionat întreg auditoriul la o întâlnire publică prin talentul oratoric și erudiția de care a dat dovadă. 

Însă, el disprețuia faima și bogățiile care se aflau în jurul său și a renunțat la cariera ce ar fi putut avea. Mai degrabă tânjea după o viață săracă, închinată lui Dumnezeu. Nu a luat nimic cu el când a plecat în pustie. A fost urmat însă de un om de-al casei, Chrisaphie. Acesta îl iubea și îl cinstea pe Navcratie, ba chiar dorea și el viața retrasă de lume. Navcratie, mergând într-un loc pustiu de lângă râul Iris, a dat peste o pădure deasă și neumblată, unde s-a retras, departe de tulburarea orașelor și de treburile lumești. 

Cu lucrul mâinilor sale, Navcratie a îngrijit de niște bătrâni săraci și bolnavi care locuiau în apropiere. Pentru că se pricepea la pescuit și vânătoare, Navcratie le asigura cele de trebuință traiului. Se afla în ascultare desăvârșită față de mama sa, Emilia, care, după moartea soțului ei, de asemenea ducea o viață de nevoință departe de lume, împreună cu Macrina. Astfel și-a petrecut Navcratie tinerețea și s-a împodobit cu fapte bune, înaintând în ascultarea poruncilor dumnezeiești. 

După cinci ani de nevoințe, s-a întâmplat un accident grav și nefericit. Pe când era la pescuit împreună cu Chrisaphie pentru a asigura hrana acelor bătrâni bolnavi, Navcratie a fost smuls deodată din această viață, fără să sufere dinainte vreo boală sau vătămare. Atât el, cât și prietenul său, Chrisaphie, s-au stins din viață în floarea vârstei.

Această încercare a întristat‑o foarte mult pe mama sa, dar având alături pe Sfânta Macrina cea Tânără, ea a biruit durerea şi întristarea pentru pierderea fiului ei din această lume şi s‑a împăcat cu gândul petrecerii lui cu îngerii în ceruri, alături de Hristos.

„Maica noastră era la o distanță de trei zile de mers pe drum. Atunci când a aflat de moartea lui, deși era desăvârșită în virtuți, a fost copleșită de mâhnire, rămânând fără de suflare și fără de grai. Atunci curajul și virtutea măreței Macrina s-au arătat. A întâmpinat întristarea cu dreaptă socotință; astfel, păstrându-se neabătută de întristare, a putut s-o întărească pe mama noastră în slăbiciunea ei și s-o ridice din adâncurile doliului. Datorită dârzeniei și bărbăției, Macrina și-a putut învăța mama să arate tărie sufletească”, povestește Sfântul Grigorie în Viața Sfintei Macrina.

La Annesi, Sfânta Emilia a construit un paraclis în cinstea celor Patruzeci de Mucenici din Sevastia (pomeniți de Sfânta Biserică pe 9 martie). Navcratie a fost depus în acel loc în care au fost depuse și moaștele Emiliei și ale soțului său, Vasile (8 mai; Sfânta Emilia mai este prăznuită și pe 1 ianuarie, odată cu Sfântul Vasile cel Mare). Mai apoi, Sfântul Grigorie de Nyssa și-a îngropat sora, Macrina cea Tânără (19 iulie), în același paraclis.