Fiind unul dintre cei mai învăţaţi ierarhi ai timpului său şi un profund teolog, Episcopul Melchisedec a avut un rol duhovnicesc important în viaţa Bisericii româneşti. Astfel, el a contribuit mult la unirea celor două biserici locale din Moldova şi Ţara Românească, ajungând ca în anul 1865 să se întrunească la Bucureşti, pentru prima dată, un Sinod general al Bisericii Ortodoxe Române. De asemenea, a contribuit personal la întocmirea unor regulamente pentru disciplina monahală şi bisericească, pentru învăţământul teologic, pentru alegerea arhiereilor, pentru revizuirea şi editarea cărţilor bisericeşti, ca şi pentru apărarea credinţei ortodoxe pe pământul ţării noastre, singura şi adevărata credinţă apostolică.

O contribuţie importantă a avut Episcopul Melchisedec şi la întocmirea Legii Organice din 1872, prin care s-a constituit Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române. Tot la stăruinţa sa şi în urma memoriului compus de el către Patriarhia Ecumenică din Constantinopol, s-a sfinţit pentru prima dată în ţara noastră Sfântul şi Marele Mir, în anul 1882. Aceeaşi deosebită contribuţie a avut marele ierarh şi la dobândirea autocefaliei Bisericii Ortodoxe Române. Ca urmare a Actului Sinodal întocmit de el cu multă înţelepciune, în primăvara anului 1885 se recunoaşte autocefalia Bisericii noastre.

Episcopul Melchisedec a scris, de asemenea, numeroase cărţi cu conţinut teologic, pastoral, apologetic şi istoric. Dintre acestea amintim: Liturgica, Tipicul, Dogmatica, Introducerea în ştiinţele teologice, Introducerea în sfintele cărţi ale Vechiului şi Noului Aşezământ (2 tomuri) (1860); Teologia pastorală, Cronica Huşilor şi a Episcopiei(1869); Cronica Romanului şi a Episcopiei, 2 vol. (1874-1875); Papismul şi starea actuală a Bisericii Ortodoxe din România (1883); Biserica Ortodoxă în luptă cu protestantismul (1890); Despre icoanele miraculoase de la Athos de provenienţă românească (1883); Notiţe istorice şi arheologice de pe la 48 de mănăstiri şi biserici antice din Moldova (1885); Viaţa şi scrierile lui Grigore Ţamblac (1883); Viaţa mitropolitului Antim Ivireanul (1886) şi altele.

După o viaţă plină de osteneli şi ispite, de bucurii duhovniceşti şi nu puţine încercări pentru cinstea Bisericii Ortodoxe şi folosul credincioşilor, la 16 mai 1892 Episcopul Melchisedec şi-a dat duhul în mâinile Marelui Arhiereu Iisus Hristos. Din donaţia lăsată de el, s-au construit în anii următori, după dorinţa sa, o grădiniţă de copii şi o şcoală de cântăreţi bisericeşti, alături de Episcopie, în care se primeau, cu întreţinere gratuită, numai copii orfani.

(Arhimandritul Ioanichie Bălan, Patericul românesc, Editura Mănăstirea Sihăstria, pp. 464-465)