Deși începuturile Chiliei „Sfânta Treime” de la Kir Isaia nu sunt foarte clare, locul păstrează numeroase mărturii istorice.

În biografia Sfântului Cuvios Maxim Kavsokalivitul se arată că ultima sa peșteră – locul unde s-a mutat la Domnul – a fost în zona Kir Isaia. Pe cărarea ce leagă Marea Lavră de Schitul Sfintei Ana, o cruce simplă, înfiptă în piatră, amintește de acest mare nevoitor al Athosului. Locul este recunoscut de către monahi pentru mireasma negrăită pe care o simt atunci când trec prin acel punct – o mărturie discretă a sfințeniei.

Zona Kir Isaia este binecuvântată cu izvoare și, multă vreme, aici au fost grădinile și viile Mănăstirii Marea Lavră. La sfârșitul secolului al XIX-lea, Cuviosul Ghedeon Georgescu, stareț al Prodromului între 22 februarie 1891 și 21 mai 1900, a zidit un apeduct care aduce apă pe o distanță de peste doi kilometri, de la Kir Isaia până în schit.

La începutul secolului XX, Kir Isaia era cunoscută și pentru podgoriile sale roditoare. Consilierul regelui Carol al României, Dragomir Dimitrescu, nota cu încântare, în 1924, calitatea vinului alb athonit. Însă, după apariția filoxerei – o boală a viței-de-vie – în jurul anilor 1930, podgoriile au fost complet abandonate. De la 300–400 de încărcături de struguri, s-a ajuns la doar 40–50. Marea Lavră a fost nevoită să aducă vin de la metoacele din insulele grecești.

Un episod cutremurător, consemnat de părintele Daniil – ucenicul Cuviosului Xenofont Românul din Kapsala – descrie o întâlnire tulburătoare în zona Kir Isaia: doi pustnici complet goi, care, fără să spună vreun cuvânt, s-au îndepărtat în grabă. Povestind această întâmplare bătrânului Damaschin de la Sfântul Vasilie, li s-a confirmat: aceștia fuseseră dintre „pustnicii nevăzuți”, oameni ai rugăciunii neîncetate, ascunși lumii și cunoscuți doar de Dumnezeu.

În anii 2000, chilia a fost preluată de părintele Acachie Lavriotul, care s-a îngrijit de restaurarea așezământului.