Planul mănăstirii se prezintă sub forma unui paralelipiped inegal, mai mare pe latura nord-estică, cu lungimea de aproximativ 200 de metri. În lăţime măsoară 80 de metri. Aspectul actual al Marii Lavre, format de-a lungul veacurilor, a fost desăvârşit în veacul al XVIII-lea. Aspectul Marii Lavre, aşa cum este astăzi văzut de pelerini, este unul tradiţional pentru mănăstirile athonite.

Pe zidurile înalte ale mănăstirii, pe toate cele patru laturi, se află chiliile călugărilor. Curtea mănăstirii este foarte încăpătoare şi în interiorul acesteia se înalţă biserici şi paraclise, trapeze şi alte construcţii specifice unei mănăstiri. În ziua de astăzi putem admira Marea Lavră în întreaga ei măreţie, întrucât la sfârşitul secolului al XX-lea au fost făcute reparaţii capitale ale pereţilor şi ale turnurilor.

Aproape de intrarea în mănăstire, în colţul de nord-vest al zidului se află paraclisul Maicii Domnului „Cucuzeliţa”. În centrul curţii mănăstirii este amplasat Katholikonul Marii Lavre, una dintre cele mai vechi construcţii ale Sfântului Munte.

Între paraclisul Cucuzeliţei şi katholikon se află clădirea trapezei părinţilor, în formă de cruce.

Între trapeză şi katholikon se află aghiazmatarul sau locul de sfinţire al apei. În faţa bisericii mari, de-a dreapta şi de-a stânga agheasmatarului, se află nişte chiparoşi multiseculari. Potrivit tradiţiei, cel mai mare (în partea de nord) a fost plantat de Sfântul Atanasie, iar celălalt de ucenicul său, Eftimie, viitorul ctitor al Mănăstirii Iviron.

În partea stângă a bisericii mari se află vechea egumenie, cu Paraclisul Sfântului Atanasie. Aici se păstrează toiegele de fier ale Sfântului şi tot aici se săvârşesc tunderile în monahism.

Mai spre est se află eclesiarhia, în care se află obiecte de cult importante din punct de vedere cultic, patrimonial şi ştiinţific, icoane vechi, cărţi bisericeşti, obiecte de cult bisericesc din aur şi pietre preţioase, epitafuri, cruci pentru sfintele moaşte şi pentru Sfânta Masă şi chiar şi arme.

În partea de sud-est se află Paraclisul Sfântului Mihail al Sinadelor, refăcut din daniile voievodului muntean Matei Basarab (1632-1654). În partea de răsărit a bisericii mari se află biblioteca şi schevofilachionul, care alcătuiesc o singură clădire.

În partea sudică a curţii mănăstirii se află mormintele a trei patriarhi care s-au închinoviat în mănăstire. Alături de aceste morminte se află chilia unde s-a nevoit Sfântul Grigorie Palama.

Pe lângă biserica principală, Marea Lavră are 37 de paraclise, din care 15 se află în curtea interioară a mănăstirii.

În partea de răsărit a mănăstirii se găseşte arsanaua Mandraki, construită în timpul Sfântului Atanasie Athonitul. Iar în partea de sud-vest este situat Paraclisul cimitirului, ce poartă hramul Sfinţilor Apostoli.

Marea Lavră are trei schituri: Sfânta Ana, Kavsokalivia şi Prodomu, precum şi sihăstriile Katunakia, Karulia, Sfântul Vasile, Kerasia, Sfânta Ana Mică, Vigla şi Provata. Pe moşia mănăstirii se găseşte şi turnul vechii mănăstiri a amalfinilor (Morfono), peştera Sfântului Atanasie, cea a Sfântului Grigorie Palama, cea a Sfântului Ioan Cucuzel şi cea a Sfântului Nil. Tot de Marea Lavră ţine şi kathisma Milopotamu, cu ale sale vii.