Sfântul Ioan s-a născut în veacul al VI-lea; la vârstă de 16 ani, a intrat în Mănăstirea Sfânta Ecaterina.

În primii ani de vieţuire în mănăstire a fost ucenicul cuviosului Martirie, cel care l-a şi tuns în călugărie pe când avea 20 de ani. Sfântul Ioan avea să petreacă alături de stareţul său timp de 19 ani, vreme în care a învăţat să lupte cu patimile, să se roage cu luare aminte şi, mai ales, să asculte desăvârşit pentru a-şi smeri sufletul.

La moartea cuviosului Martirie, Sfântul Ioan s-a retras în pustiul Sinaiului, la o distanţă de opt kilometri de mănăstire. Aici a petrecut neclintit în posturi şi rugăciuni timp de 40 de ani.

Către sfârşitul vieţii a fost ales stareţ al mănăstirii. În timp ce îndeplinea funcţia de egumen, însuşi Papa Grigorie cel Mare i-a trimis un pomelnic şi o sumă de bani pentru a fi pomenit la rugăciune şi a contribui la bolniţa sfintei aşezări. Nu după mult timp, s-a retras în vechea sa peşteră.

În această perioadă de apogeu a vieţii sale duhovniceşti, la rugămintea egumenului mănăstirii din Raith, Sfântul Ioan a alcătuit celebra scriere Scara.

După o viaţă de nevoinţă şi rugăciune, înconjurat de ucenicii săi iubiţi, Sfântul Ioan s-a stins în Sinai, pe la mijlocul veacului al VII-lea. Biserica i-a rânduit prăznuirea pe  30 martie - ziua morţii şi i-a dedicat şi Duminica a IV-a a Postului Mare.

În apropierea peşterii, pe locul numit Wadi Et-Tlah, în secolul al XX-lea, a fost ridicat un mic aşezământ monahal care ține de Mănăstirea Sfintei Ecaterina.