La Mănăstirile Agapia şi Văratec, părintele Nicodim a continuat aceeaşi activitate de duhovnic şi preot misionar. Slujea cele sfinte cu frică de Dumnezeu, se ruga şi citea mult la chilie, spovedea, învăţa pe oameni şi tipărea cărţi bisericeşti. După anul 1940, ajunsese cel mai iscusit duhovnic pentru mireni şi călugări din partea locului.

Părintele Nicodim considera spovedania ca fiind cel dintâi şi cel mai necesar mijloc de cunoaştere, de formare duhovnicească şi de îndreptare a creştinului. De aici începea urcuşul duhovnicesc. Iar spovedania o făcea astfel:

Mai întâi cerea credinciosului să citească pravila bisericească, să se roage, să-şi cerceteze conştiinţa şi să-şi noteze pe hârtie toate păcatele. Apoi îl spovedea fără grabă, din copilărie, lăsând pe om să-şi spună liber păcatele. La urmă adăuga şi câteva întrebări, apoi rupea hârtia în faţa penitentului, ca semn de iertare, îi rânduia canon după putere şi îndată îi citea rugăciunea de dezlegare. Dacă cineva avea pe conştiinţă păcate grele, îl lăsa pe penitent după spovedanie încă un ceas-două să-şi cerceteze conştiinţa, apoi îl dezlega.

Acest duhovnic iscusit nu dădea la spovedanie canon aspru niciodată. Mai întâi cerea creştinului să înceteze păcatul, apoi să se roage. Îi cerea să citească zilnic cele şapte Laude, să citească Sfânta Scriptură, Învăţătura de credinţă, Vieţile Sfinţilor şi alte cărţi de folos sufletesc. El punea accent îndeosebi pe cunoaşterea dreptei credinţe şi pe sfânta rugăciune.

– Cine nu citeşte, zicea el, nu cunoaşte. Şi cine nu cunoaşte Sfânta Scriptură şi credinţa ortodoxă acela uşor cade în păcate de moarte şi este prins în mreaja sectelor.

(Arhimandritul Ioanichie Bălan, Patericul românesc, Editura Mănăstirea Sihăstria, p. 653)