Actuala biserică, zidită direct pe stâncă în mijlocul curţii, a fost înălţată şi pictată între anii 1537-1547 din daniile făcute de voievodul Petru Rareş (1527-1538). Fiind ctitor, voievodul moldovean este pictat împreună cu familia sa în interiorul bisericii pe partea dreaptă. Pronaosul şi naosul sunt pictate de marele pictor al Şcolii Cretane, Zorzi.

În absida altarului se află Icoana Maicii Domnului „Dulcea Sărutare” (1685), care a fost adusă de la metocul Mănăstirii Hotărani din România, precum şi Icoana făcătoare de minuni a Sfântului Ioan Botezătorul, care provine de la metocul de la Metamorfosi (Halkidiki). În Sfântul Altar se păstrează de asemenea racla cu Sfintele Moaşte ale Sfântului Nifon şi bastonul său.

Catapeteasma sculptată (1796) şi aurită (1803) a înlocuit vechea catapeteasmă (1553) lucrată cu cheltuiala voievodului Alexandru Lăpuşneanu, din care se mai păstrează fragmente în spatele celei de astăzi.

Lângă coloana din partea dreaptă din faţa catapetesmei se află renumita Icoană făcătoare de minuni a Sfântului Ioan Botezătorul.

Pe spătarul tronului arhieresc este pictat Sfântul Ioan Botezătorul în locul Arhiereului cel Mare. Pe coloana din spatele tronului se află o altă icoană veche a Sfântului Ioan Botezătorul, care a rămas nevătămată de la incendiul din 1535. De cealaltă parte, pe coloana din stânga, se află Icoana Maicii Domnului „Izvorul Tămăduirii” (1669).

Pridvorul se întinde pe toată lăţimea bisericii şi a Paraclisului Icoanei Maicii Domnului numită Acatist.