Atunci când Sfântului loan i s-a tăiat capul în închisoare, Irodiada a poruncit ca să nu-i fie îngropat capul împreună cu trupul, crezând că prorocul ar putea învia. De aceea, ea i-a luat capul şi l-a îngropat adânc într-un loc ascuns şi necurat din curtea palatului. Irod nu a dat ucenicilor decât trupul sfântului, care a fost îngropat în Sevastia.

Dar ea avea o damă de curte, pe Ioana, care era soţia demnitarului Huza de la curtea lui Irod. Ioana nu a putut tolera să vadă capul Omului lui Dumnezeu zăcând în necurăţie și, de aceea, l-a dezgropat în secret și l-a dus la Ierusalim, îngropându-l în Muntele Măslinilor, într-un vas din lut.

Întâia şi a doua aflare a Capului Sfântului Proroc Ioan Botezătorul

A trecut mult timp până când Inochentie, unul dintre slujitorii de bază ai lui Irod, şi-a cumpărat un loc din Muntele Eleonului, şi-a făcut o chilie şi s-a retras în ea în chip sihăstresc. Zidind lângă chilie o bisericuţă de piatră, a găsit capul Sfântului Ioan, însă imediat l-a îngropat la loc.

Conform Sinaxarului, după aproape 300 de ani, în timpul împăratului Constantin cel Mare, Sfântul Ioan Botezătorul s-a arătat unor călugări, poruncindu-le să sape locul şi să dezgroape cinstitul său cap. Pe când călugării se întorceau cu capul proorocului într-un sac, s-au întâlnit cu un olar şi i-au dat acestuia să ducă sacul din piele de cămilă. Ajungând în propria casă, olarul a văzut că se învrednicea de multe binefaceri şi ştiind că acest lucru se datorează prezenţei capului Sfântului Ioan Botezătorul, a început să îl cinstească împreună cu familia sa.

Simţind că i se apropie sfârşitul, olarul a pus capul proorocului într-o raclă şi l-a dăruit surorii sale, sfătuind-o să-l cinstească şi să nu-l deschidă până când însuşi sfântul îi va porunci. În acest fel, racla a ajuns din mână în mână în grija unui monah pe nume Eustatiu. Acesta trăia într-o peşteră din apropierea oraşului Emesa din Siria. Deşi monahul Eustatiu era arian, la peştera lui se făceau minuni, datorită sfântului cap. Eustatiu a fost izgonit din peşteră şi trimis în exil. În peştera lui au intrat ulterior nişte monahi credincioşi, care mai târziu au zidit în apropiere o mănăstire. În anul 452, arhimandritul Marcel, starețul acelei mănăstiri, a aflat capul sfântului în chip minunat, văzând foc mare la peștera de lângă orașul Emesa în timpul cântării psalmilor, consemnând următoarele:

„Bine este cuvântat Domnul nostru Iisus Hristos, că m-a învrednicit pe mine, Marcel, robul Său, a fi văzător al vedeniei de faţă, care mi s-a făcut în 18 zile ale lunii februarie, în săptămâna din mijlocul postului sfintelor 40 de zile, descoperindu-se în somn noaptea, căci am văzut toate porţile mănăstirii noastre deschise. Deci m-am înfricoşat şi mi se părea că ies să le închid. Apoi iarăşi am văzut un râu trecând prin poarta mănăstirii, şi mă miram de unde iese acea mulţime de apă. Pe când gândeam aceasta, am auzit un glas de multe cete, venind spre noi dinspre răsărit, cu sunet mare, iar fiecare ceată avea deosebit grai şi striga: «Iată, se arată Sfântul Ioan, Botezătorul lui Hristos»”.

A treia aflare a Capului Sfantului Ioan Botezatorul

În anul 850, cinstitul cap a fost aflat pentru a treia oară în chip minunat, Patriarhul Ignatie ducându-l în Constantinopol, unde a fost așezat într-un loc special. El a fost aflat a treia oară când a ieșit din pământ la Comane.

Astăzi, partea occipitală a Capului Sfântului Proroc Ioan Botezătorul se găsește în interiorul Moscheii Omeiazilor din Damasc iar partea frontală, la Catedrala din Amiens (Franţa). De fapt, capul Sfântului Proroc a fost despărțit încă din secolul al V-lea, când a fost mutat din Emesa, o parte rămânând aici. Acea parte este acum la Damasc, iar celălalt fragment, care a fost dus la Constantinopol, se află acum la Catedrala din Amiens, furat de la Constantinopol de cruciaţi și adus aici de Wallon de Sarton din Picquigny în momentul întoarcerii acestuia din Cruciada a patra. Cei care ajung la catedrala din nordul Franței pot observa că, pe obrazul sfântului se află o zgârietură. Aceasta confirm istoria Fericitului Ieronim, care spune că într-o clipă de mânie, Irodiada a lovit cu cuţitul obrazul Sfântului decapitat.