Fiind înzestrat de Dumnezeu cu multe daruri duhovniceşti, arhimandritul Neonil a fost stareţ la Mănăstirea Neamţ timp de treisprezece ani. Deci, văzând că viaţa duhovnicească în Mănăstirea Neamţ era în scădere, a întocmit pentru obştea sa un nou aşezământ călugăresc, prin care a îmbinat în chip armonios rugăciunea şi nevoinţa, lucrul mâinilor şi slujirea. 

Cele mai importante reguli de sporire duhovnicească, fixate de stareţul Neonil, erau acestea: 

- mărturisirea zilnică a soborului; 

- participarea obligatorie a fiecărui călugăr şi frate la pravila bisericii, îndeosebi la Utrenie şi la Sfânta Liturghie; 

- îndeletnicirea la chilii cu pravila, cu rugăciunea lui Iisus şi citirea scrierilor Sfinţilor Părinţi; 

- interzicerea cu desăvârşire a oricărui fel de adunări la chilii; 

- săvârşirea ascultării în mănăstire cu dragoste şi fără cârtire; 

- petrecerea soborului în desăvârşită armonie, unitate şi smerenie; 

- interzicerea mâncării de carne în obşte; 

- servirea mesei numai la trapeză. Nimeni nu avea voie să mănânce în chilie, afară de cei bolnavi.

Pentru buna chivernisire a bunurilor mănăstireşti şi punerea lor în folosul tuturor, stareţul Neonil a rânduit în aşezământul său următoarele: 

- încetarea oricărui amestec din afară în treburile mănăstirii. Averile ei nu pot fi însuşite sau înstrăinate de nimeni, fără voia soborului; 

- veniturile mănăstirii vor fi folosite, atât pentru întreţinerea soborului şi refacerea chiliilor, cât şi pentru opere de binefacere şi milostenie, ca: zidirea de biserici noi în satele sărace, înzestrarea unor lăcaşuri noi cu cărţi şi obiecte de cult, zidirea de spitale şi şcoli publice, înfiinţarea unor „spiţerii” (farmacii) pentru călugări şi mireni, şi altele: 

- zidirea unei bolniţe noi în Mănăstirea Neamţ, atât pentru călugării din lavră şi schituri, cât şi pentru cei din pustie; 

- deschiderea unei şcoli monahale în mănăstire, pentru fraţii începători; 

- tipografia şi legătoria de cărţi să fie mult mărite. 

Aici se vor tipări tot felul de cărţi bisericeşti de slujbă şi învăţătură, din veniturile mănăstirii, care apoi se vor împărţi gratuit la mănăstiri şi biserici de mir.

Toate acestea au fost în întregime realizate.

(Arhimandritul Ioanichie Bălan, Patericul românesc, Editura Mănăstirea Sihăstria, pp. 390-391)