Intrarea principală se află în corpul de miazăzi. Printr-un coridor cu boltă în formă de cruce se intră în curtea largă şi placată cu piatră, care este împodobită cu mulţi pomi fructiferi.

Corpul de răsărit, vechiul arhondaric şi părţi din corpurile de nord şi de sud au rămas nereparate după incendiul catastrofal din 1968. La etajul de sus al corpului de nord se află măreţul Paraclis al Sfântului Acoperământ al Maicii Domnului şi Paraclisul Sfântului Alexandru Nevski. Cele trei etaje de dedesubt adăpostesc chiliile monahilor. În corpul de sud, recent restaurat, se află Paraclisul Sfântului Ioan Botezătorul, noul arhondaric, precum şi chilii. În partea apuseană a corpului de sud se află sinodiconul.

În mănăstire există 36 de paraclise. Paraclisul Adormirii Maicii Domnului este o clădire separată, în spatele Katholikonului, iar aici slujbele se fac în greceşte. În Paraclisul Sfântului Mitrofan slujbele se fac în ruseşte. În corpul de nord se află 9 paraclise, dintre care cel mai frumos şi cel mai măreţ este cel al Sfântului Acoperământ. În corpul de sud se află 8 paraclise, dintre care numai trei au rămas după incendiu: al Sfântului Sava, al Sfântului Nicolae şi al Sfântului Ioan Botezătorul. Celelalte paraclise se află în afara mănăstirii.

Aghiasmatarul se află între Katholikon şi trapeză. Nu are nici boltă şi nici coloane, ci numai patru vase de marmură aşezate la diferite nivele. Trapeza este situată în partea de apus a curţii, vizavi de Katholikon. Este o clădire separată, construită în 1893, şi încap în ea 1000 de persoane. Clopotniţa (1893) se află deasupra intrării în trapeză.

Schevofilachionul este în clădirea cu două etaje din partea de nord a trapezei, iar iconofilachionul se află în partea de nord a Katholikonului. Bogata bibliotecă a mănăstirii este adăpostită într-o clădire cu două etaje, aflată în aceeași curte.

Cimitirul mănăstirii are două biserici: cea veche, a Sfinţilor Ierarhi Petru, Alexie, Ioan şi Filip ai Moscovei, construită în 1820, şi cea nou construită (1896-1898), a Sfinţilor Arhangheli, care de fapt este o clădire cu etaj, incluzând două bisericuţe.

Clădirea cu multe etaje de pe ţărmul mării a fost spital pentru monahi. În clădirea cu balcoane, care se află lângă spital, a trăit Sfântul Siluan Athonitul.

Mănăstirea are Schitul „Adormirea Maicii Domnului” (Bogoroditsa), 12 chilii şi 2 kathisme, dintre care una este aşa-numita „Vechea Mănăstire” sau „Vechiul Rusikon”. De Mănăstirea „Sfântul Pantelimon” mai aparţin şi metoacele athonite Noua Tebaidă şi Chromiţa.

(Foto) Mănăstirea Sfântul Pantelimon – Athos