Printre obiectele de mare valoare duhovniceasca păstrate în Mănăstirea Filoteu se află o părticică din lemnul Sfintei Cruci dăruită mănăstirii de Ştefan Duşan (1347), mâna dreaptă a Sfântului Ioan Gură de Aur, închinată la Filoteu de împăratul Andronic al II-lea cel Bătrân (1282-1328) în iulie 1284, piciorul Sfântului Pantelimon şi părţi din Sfintele Moaşte ale Sfinţilor Isidor Pelusiotul, Haralambie, Paraschevi şi Marina.

În mănăstirea de maici a Sfinţilor Arhangheli din Insula Tasos, metoc al Mănăstirii Filoteu, se află o parte dintr-un Cui de la Răstignirea Domnului, dăruit mănăstirii de împăratul Nichifor Votaniatis.